这是南南合作老大难问题。1961年不结盟运动成立后，77国集团、15国集团、24国集团等全球性第三世界组织也相继诞生。由于历史原因，这些机构大多属于松散性的国际组织。以不结盟运动为例，它既没有宪章，也没有常设秘书处和常设主持人，成员国不论大小都可以参加全球决策和世界政治问题。尽管经常发表声明并通过决议，但没有什么约束力。不结盟运动的这种设制虽然保持了机构的民主参与性，但也使运动缺乏政策连贯性和执行能力。发展中国家的其他全球性组织的机构设置与不结盟运动类似，因此存在的问题也类同。尽管发展中国家试图改变这种状况，如不结盟运动曾设想设立常设秘书处，以加强运动的领导能力，但没有形成共识。
此外，与西方7国集团（现为8国集团）不同，发展中国家没有形成强大的权力核心组织。由于存在几个全球性发展中国家组织，发展中国家虽然在一些重大国际问题上能够相互支持，但由于缺乏协调，缺乏能够起到“凝聚力量、协调立场、化解内部纷争、对外行动一致”的机构，因而难以形成合力，这使本来就处于弱势地位的发展中国家，在南北对话中处于更加不利的位置。尽管某些发展中国家试图像西方7国集团那样组成核心集团，但一直不成功。发展中国家在组织统一权力核心问题上的分歧远大于共识。
发展中组织在这方面存在的缺陷在2000年77国集团的《南方宣言》有所反映，宣言指出：“尽管我们各国之间的合作模式已有所增加,但过去几年来的进展未能配合各种不同的宣言和行动纲领内所体现的承诺的全面性。缺乏有效后续行动和执行工作已在充分发挥南南合作潜力方面产生不利影响” 。之所以如此，南南合作规定的某些目标不切实际是一方面原因，但执行不力，缺乏相应的执行能力也是南南合作目标难以实现的重要原因。
南南的许多合作项目需要投入大量资金，而发展中国家最缺乏的往往也是资金。发展中国家不仅无力进行投资巨大的项目，一些南南合作组织自身运转的资金都相当困难。无论是不结盟运动、77国集团，还是非洲联盟等一些地区性南南合作组织，资金都比较紧张。各成员国的会费及国际社会的捐赠，与这些机构雄心勃勃的计划相比，往往微不足道。与此同时，在西方重新评估援助效果做法的影响下，前一阶段联合国对南南合作的援助一度萎缩，发达国家提供给发展中国家的官方发展援助也急剧下降，这种情况也影响了南南合作的进一步发展。
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